Militant socialiste dès 1895, jauressien, élu député en 1914 Également dirigeant de la Ligue des droits de l'homme (1918-1940, 1945-1947).

En mai 1917, il est chargé par Briand de convaincre le nouveau gouvernement russe de Alexandre Kerenski de continuer la guerre aux côtés de la France et de la Grande-Bretagne.

Lors du Front populaire, Moutet, partisan d'une "colonisation démocratique", est nommé ministre des colonies.

En 1940, il est l'un des quatre-vingt parlementaires à refuser de voter les pleins pouvoirs à Pétain. Il entre dans la clandestinité avant de se réfugier en Suisse.

Après 1945, Moutet sera à nouveau plusieurs fois ministre de colonies, et assumera notamment la répression de l'insurrection malgache (plusieurs dizaines de milliers de morts).

En 1948, Moutet devient sénateur et le restera jusqu'à sa mort.