Espanian hovi seurasi mielenkiinnolla indianien käännyttämistä ja heidän sivistämistään. Kun se kielsi edelleen käyttämästä niitä raakoja keinoja, joita siihen asti oli tarkotukseen käytetty, ja niiden sijaan suositti laupeutta ja lempeyttä, täytyi sen myöskin jesuitain kehotuksesta aineellisesti auttaa uutta tapaa käyttäviä apostoleja helpottaakseen heidän sivistystyötään. Hengelliset vallottajat astuivat nyt maallisten sijaan: eivät vain jesuitat, vaan lukuisat muutkin hengenmiehet, jotka tosin eivät tunteneet villien kieltä eivätkä tapoja, mutta joilla ruokarahana taskussaan oli madridilaisen hallituksen apuraha, lähtivät nyt europalaisten asumien maiden rajaseuduille. Sellainen lähetyssaarnaaja rakensi puisen kirkon, kokosi ympärilleen muutamia indianeja, jotka oli valikoinnut kaupungeista ja jotka toimivat yksissäneuvoin hänen kanssansa, ja julisti uuden kyläkunnan perustetuksi. Kun saatu apuraha oli käytetty, katosi kirkkoherra ja alotti jossakin muualla samanlaisen pelin samalla menestyksellä. Rakennettu kirkko sortui pian ja kylä hävisi olemasta, mutta Espanian hovi iloitsi siitä edistyksestä, mitä kristinusko ja sivistys tekivät toimeliaan lempeyden avulla. Todellisuudessa ei vuonna 1612 annetun kuninkaallisen käskykirjeen julaistua oltukaan perustettu ainoatakaan indianikylää. Poikkeuksena olivat jesuitain lähetysasemat.
Jesuitaveljeskunnan lähetyssaarnaajia avustettiin samoin hallituksen varoilla, mutta he ottivat vakavalta kannalta tehtävänsä, pyrkien saattamaan villit asettumaan kyläkunnittain asumaan, jättämään paimentolaiselämän, pyrkivät kasvattamaan heidät työntekoon ja lisäksi vielä kristinuskoon. Tätä tarkotusta saavuttaakseen hankkivat he ensin itselleen indianien luottamuksen elämällä heidän keskuudessaan, opettelemalla heidän kieltään, tutkimalla heidän tapojaan ja taika-uskoaan. Siten saavuttivat he taidon hallita villejä. Vuosina 1610–1768 perustivat he kolmekymmentä kylää, joissa jesuitat Paraguaysta karkotettaessa oli 150,000 asukasta, ja johtivat niitä. Pyhän Fransiskus Xaverin lähetysasemalla, joka oli asukasrikkain jesuitasiirtokunnista, asui 30,000 indiania, asukasluvultaan pienemmissä oli asukkaita 500–1,000.
26 siirtokuntaa kuului mainioon guaranilaisten lähetysasemien maakuntaan, joka oli Paraguayn ja Uruguayn rannoilla, 26:nnen ja 28:nnen leveysasteen ja 54:nnen ja 57:nnen pituusasteen välillä Greenwichistä länteen. Kolme muuta lähetysasemaa oli kauempana niistä. Todellisuudessa ovat jesuitat perustaneet vain 26 siirtokuntaa, heidän muut lähetysasemansa syntyivät entisistä komturikunnista. 19 noista 26:sta siirtokunnasta perustettiin ensimäisinä vuosina ja asukkaina niissä oli guaraniheimoon kuuluvia villejä. Seitsemälle muulle lähetysasemalle otettiin indianeja muista siirtokunnista, jotka olivat olleet olemassa yli puoli vuosisataa.
Azara on sitä mieltä, että jesuitain menestys heidän lähetystoimintansa 25:nä ensimäisenä vuonna, jolloin he perustivat niin monia siirtokuntia, ei riippunut heidän vakuutuskyvystään eikä apostolisen sanan voimasta. Hänen mielestään oli siihen nähden määräävänä se seikka, että noina vuosina portugalilaiset ja San Paolon mamulukot vainosivat villejä mitä hillittömimmin ja epäinhimillisimmin, ottaakseen heitä vangeiksi ja orjina myydäkseen. Kauhistuneet ja hajallelyödyt indianit pakenivat Paraguay- ja Uruguayvirtojen väliselle alueelle ja aarniometsiin, joihin rosvot vain vaivoin voivat tunkeutua. Harhaillen pieninä joukkoina, peloissaan ja rappion partaalla, alttiina kaikille pakolaiselämän puutteille ja vaivoille, antautuivat he helposti jesuitain vaikutuksen alaisiksi, kun nämä tarjosivat heille elintarpeita ja suojaa. Kun villien ahdistaminen hiukan taukosi, eivät jesuitat enään tavanneetkaan indianeja, jotka olisivat taipuneet kääntymään ja sivistymään.
Silloin he eivät myöskään vitkastelleet hylkäämästä vakuuttamisen tietä ja turvautumasta vähimmittäkään omantunnonvaivoitta vähemmän platonisiin keinoihin perustaakseen kolme viimeistä siirtokuntaansa. He eivät kerskuneet noilla keinoillaan kaiken maailman kuullen, mutta Azara vakuuttaa, että hän on heidän sivistyttämiskeinoistaan saanut tietoa indianeilta, jotka olivat joutuneet niistä kärsimään. Menettelytapa on kuvaava, se ansaitsee tulla kerrotuksi, sillä sitä on nähtävästi käytetty useamman kuin yhden kerran. Jesuitat lähettivät villeille guaraneille lahjoja näiden oman kansakunnan kääntyneillä jäsenillä, jotka puhuivat guaranien kieltä. Kun nämä lähettiläät olivat kuvanneet uuden elämänsä onnea, ilmottivat he, että kunnianarvoisa isä, joka sydämestään heitä rakasti, tahtoi päästä asumaan heidän keskuuteensa. Hän toisi, selittivät he, mukanaan kallisarvoisia lahjoja, muun muassa useita lehmiä, niin että olisi koko vuodeksi elintarpeita ilman että tarvitsi kiusata itseään ruoanhaulla. Villit antoivat luvan hurskaan isän tuloon. Jesuita asettui asumaan villien keskuuteen seuranaan muutamia valittuja indianeja. Vähitellen ja eri syiden varjolla, ollakseen herättämättä epäluuloa, lisäsi hän seurueensa lukumäärää. Kun tämä oli kasvanut kyllin suureksi, piiritettiin villien leiri, saatiin uhkaamalla, lupauksilla ja teeskennellyillä puheilla villit alistumaan ja lähetettiin heidät sitte Paranan eri lähetysasemille. Useat indianit pakenivat niiltä ja palasivat kotiseudulleen, vaikka tämä oli kovin kaukanakin siirtokunnasta. Tavallisesti heidät vangittiin uudestaan ja lähetettiin vielä kaukaisempiin siirtokuntiin. Tämä raaka menettely muistuttaa tavattomasti espanjalaisten ja portugalilaisten menettelyä, jonka jesuitat olivat niin ankarasti tuominneet.
Ensimäisten lähetysasemien perustamisesta on vain lähetyssaarnaajain kertomuksia, joissa kaikissa vakuutetaan, että villit ainoastaan ja yksinomaan lempeällä puhuttelulla taivutettiin asettumaan vakinaisille asumassoille. Kumminkin anoivat jesuitat heti sivistystyönsä alkaessa lupaa saada asestaa kannattajansa pyssyillä. He saivat tämän luvan vuonna 1636, isä Montoyan käytyä Madridissa. Väitteidensä mukaan tarvitsivat jesuitat miehistöjen asestamisoikeutta voidakseen puolustaa siirtokuntaan villien yhä uudistuvia hyökkäyksiä vastaan. Tosiasiallisesti harjottivat kunnianarvoisat isät indianien metsästystä, tosin puheellataivuttamisen muodossa. »Lähetyssaarnaajien kirjeet» kertovat lukuisia kuvaavia pikkujuttuja heidän menettelystään. Käännytetyt indianit menivät metsiin julistaakseen siellä uutta, totista uskoa epäjumalanpalvelijoille, ja heidän onnistuikin koota uskovaisia, jotka jumalan armo oli vallannut. Tavallisesti olivat vastakääntyneet naisia ja lapsia, jotka epäilemättä ryöstettiin heimon miesten ollessa metsästyksellä tai sotaretkellä. Kun nämä sitte palasivat kotiin, vaativat he ase kädessä omaisiaan takaisin. Joskus hyökkäsivät indianit myöskin jesuitasiirtokuntien kimppuun, ensin annettuaan valheellisilla lupauksilla pettää itsensä, mutta sitte siirtokunnan elämän suhteen perinpohjin petyttyään, paettuaan ja tahtoen kostaa lähetysasemilla osakseen tulleen huonon kohtelun. Kun tietää, miten murtumattoman sitkeästi villit vastustivat totuttamista säännölliseen työhön — johon muuten myöskin sivistyneiden maiden työläisväestö tuskaisasti on »kasvatettu» — niin käsittää, että jesuitain suuremmassa määrässä väkivalloin kuin hyvällä puheella täytyi hankkia työläiset lähetysasemilleen. He itse tunnustavat että heidän pakosta täytyi sallia täysikasvuisten indianien metsästää ja kalastaa omalla tavallaan, ja että he voivat pakkotyöhön totuttaa vain lapset, jotka he ryöstivät tai jotka olivat syntyneet heidän siirtokunnissaan.
Jesuitaveljeskunta, joka Espanian hallitukselta sai tarpeelliset rahavarat »lähetysasemien» perustamiseen, tahtoi näiden piirissä hallita ja vallita ainoana herrana. Heidän onnistui saada aikaan kuninkaallinen julistus, jonka mukaan kukaan espanjalainen ei saanut veljeskunnan luvatta oleskella siirtokunnissa. Jesuitat väittivät, että sivistyneiden kristittyjen paheet olivat suurena vaarana vastakääntyneiden indianien viattomuudelle ja sielunparaalle. He saivat edelleen aikaan sen, että jätettiin pitämättä jokavuotiset tarkastukset, joita siirtomaahallitus pani toimeen orja- ja arentimieskomturikunnissa. Jesuitat tekivät vain jumalalle ja veljeskuntansa kenraalille, eivätkä kellekään muulle, tiliä siitä, miten hallitsivat vakinaisille asuinpaikoille asettuneita indianeja ja miten hoitivat näiden tuottamia maanviljelys- ja käsityötuoterikkauksia. Vaikka jesuitat asettuivat lain yläpuolelle, niin saivat he kumminkin yhä edelleenkin hallituksen varoista rahaa pitääkseen yhtä lähetyssaarnaajaa jokaisessa siirtokunnassa. Tähän tarvittava rahamäärä koottiin yhden peson ja kahdeksan realin (noin 2 markan) henkilöverolla, joka kruunun hengellisten siirtokuntien indianien täytyi maksaa, maallisten siirtokuntien indianien täytyessä suorittaa 5 peson (10 markan) vuotuinen vero hengeltä.
Jesuitat olivat olleet niin viisaita ja taitavia, että olivat asettaneet lähetysasemansa välittömästi hallituksen alaisiksi. Sen kautta olivat he vapautuneet siirtomaahallituksen valvonnasta, eikä lähetysasemien asukkaiden tarvinnut tehdä päivätöitä kaivoksissa eikä maksaa veroja. Jotta kukaan muu kuin he itse ei voisi saada penninkään veroa kääntyneiltä indianeilta, hankkivat he kuninkaalta vapauden velvollisuudesta maksaa kymmenyksiä siirtomaan piispalle, »kun lähetysasemat», niin selittää Charlevoix, »olivat liian köyhiä, voidakseen kantaa tätä kuormaa». Madridin hovi antoi jesuitoille ylenmäärin suosionosotuksia. Se ei vain alentanut heidän verojaan ja lopulta poistanut niitä kokonaan, vaan, kun he 1635 huolimatta siirtomaahallinnon vastustuksesta saivat oikeuden asestaa siirtokuntiensa indianit europalaiseen tapaan, antoi hallitus heille yksinpä osaksi varatkin sotatarpeiden hankkimiseen.
Saatuaan luvan asestaa indianit pyssyillä ja kanuunoilla, rupesivat he innokkaasti järjestämään säännöllistä armeijaa, torjuakseen, kuten sanoivat, portugalilaisten ja mamulukkojen hyökkäyksiä, mutta todellisuudessa suojellakseen lähetysasemiaan espanialaisia vastaan, joiden kanssa jesuitat alinomaa olivat julkivihollisuuden kannalla. Hätätilassa tahtoivat jesuitat myöskin omistaa käytettäväkseen voiman siirtomaahallitusta vastaan, joka oli Espanian kruunun edustaja. Siitä saa selityksensä se, että jesuitoja, kun näillä oli käytettävänään melkoinen asestettu voima, syytettiin siitä, että he tahtoivat perustaa riippumattoman valtion. Ehkä oli jesuitaveljeskunnalla todellakin korkealentoisena aikomuksena perustaa teokratinen tasavalta, joka olisi käsittänyt osan Etelä-Amerikaa. Lähetysasemien, joita he perustivat Brasiliaan Amazonivirran varsille, Peruun ja pohjoiseen Paraguayhin, piti kehittyä ja laajentua ja muodostaa keskus, jonka ympärille tämän jesuitavaltakunnan eri osat ryhmittyisivät.
Vain suurin vaivoin oli jesuitain onnistunut saada tuo oikeus varustaa lähetysasemiensa indianit tuliaseilla. Espanian hallitus oli ottanut säännökseen olla antamatta uuden maailman tämän osan sotaisille indianiheimoille aseita, joiden omistaminen olisi tehnyt nämä pelätyksi, joskaan ei voittamattomaksi viholliseksi. Jo epätäydellisilläkin aseillaan saattoivat he espanjalaisille suurta vauriota. Tuo yllämainittu lupa hankkia alkuasukkaille europalainen asestus annettiin jesuitoille vasta sitte, kun kunnianarvoisa isä Montoya oli käynyt Madridissa ja vakuuttanut, että lähetysasemien indianit olisivat hyväuskoisia katolilaisia ja Espanian kuninkaan uskollisia palvelijoita. Heti kun olivat saaneet hakemansa luvan, kohdistivat jesuitat järjestyskykynsä ja sitkeän kestävyytensä muodostaakseen armeijan. Jo vuonna 1641 oli heillä käytettävänään 4,000-miehinen sotajoukko, jolla oli aseina pyssyjä ja kanuunoita sekä johtajina 300 alkuasukasupseeria, joiden ylipäällikkyyttä kenraalina hoiti katsike Abiaru. He voivat koota 7–12,000-miehisen sotajoukon, jonka avulla voittivat Antequerran ja Ramonin. Näitä joukkoja komentamassa oli kumminkin korkeampia europalaisia upseereja. Kaikki maanantaipäivät käytettiin sotaväen kasvattamiseen, mitään, mikä oli omiaan sitä edistämään, ei jätetty käyttämättä. Harjotukset koetettiin saada sellaisiksi, että ne mahdollisen suuressa määrin herättivät indianeissa heidän rotunsa sankariavuja.
Jesuitat eivät käyttäneet joukkojaan yksin lähetysasemiensa puolustamiseen. He riensivät myöskin antamaan ne siirtomaahallituksen käytettäviksi, ja tekivät tämän kahdenlaisessa tarkotuksessa, totuttaakseen alkuasukkaita sodankäyntiin ja vaikuttaakseen espanialaisiin asestetulla voimalla, jonka voivat saada jalkeille. Usein selkiytyikin siirtomaahallitus pulasta vain jesuitain sotajoukon avulla, jonka mahti alkoi tulla pelätyksi.
Samassa määrässä kuin jesuitaveljeskunnan siirtokunnat tulivat lukuisammiksi ja suuremmiksi, kasvoi myöskin se viha ja katkera vihamielisyys, jota ne alusta alkaen olivat herättäneet. Ne saivat osakseen kaikkien Espanian siirtomaiden kiukun.
Se seikka, että lähetysasemien alue oli sulettu kaikensäätyisiltä espanialaisilta, ja että nämä vain luvan saatuaan saivat oleskella siellä vieraina eivätkä kauemman kuin kolme päivää, herätti europalaisissa epäluuloa ja kateutta. Kullanetsijät kuvittelivat aiheettomasti, että jesuitat olivat keksineet jalometallikaivoksia, joista tahtoivat yksin hyötyä. Ja kun tapahtui, että jesuitat kielsivät käynnin lähetysasemillaan piispoilta ja korkeilta valtion virkamiehiltä, joiden vihamielisen mielialan tunsivat, syytettiin heitä siitä, että he tahtoivat pettää valtiorahastoa sen kautta, että eivät ilmottaneet kyliensä asukkaiden tarkkaa lukumäärää saadakseen sitten jättää maksamatta säädetyn henkilöveron.
Lähetyssaarnaajat kävivät siirtokunnista saaduilla maatalous- ja elinkeinotuotteilla melkoisen laajaa kauppaa. He myivät Paraguayn suuremmissa kaupungeissa ja myöskin Buenos Ayresissa tupakkaa, vihanneksia, raakaa ja kehrättyä puuvillaa, parkittuja nahkoja, kenkiä, vahaa ja pääasiallisesti paraguayteetä, jota tavallisesti nimitetään matéksi, jota Etelä-Amerikassa nautitaan sangen paljon kahvin asemasta. Jesuitat yksin myivät enemmän matéta kuin kaikki muut yhteensä. Charlevoixin mukaan myivät jesuitat tätä tuotetta vuosittain keskimäärin 12,000 arrobaa, noin 184,000 kiloa. Jokainen lähetysasema tuotti noin 2,000 arrobaa puuvillaa, niin että 30 lähetysaseman tuotantomäärä nousi yhteensä noin 921,000 kiloon raakapuuvillaa. Kaikkien europalaisten siirtolaisten etuja vahingoitti se kilpailu, jonka jesuitat heille tuottivat teollisuuden ja kaupan alalla. Silloin tekivät he jesuitoja vastaan samat syytökset, joita hurskaat isät ennen olivat tehneet heitä vastaan. He väittivät, että jesuitat nylkevät indianeja kovemmin ja kohtelevat huonommin, kuin mitä milloinkaan oli tullut näiden osaksi maallisissa komturikunnissa. Sen väitteensä tueksi, että jesuitat riistävät indianeja mitä säälimättömimmin, viittasivat espanialaiset siihen seikkaan, että lähetyssaarnaajat ottaessaan haltuunsa mitayojen komturikunnat kumouttivat säännöksen, joka kielsi maallisia komturikuntia käyttämästä alkuasukkaita työhön enemmän kuin kaksi päivää viikossa. Edelleen huomauttivat he sitä seikkaa, että jesuitat olivat toimittaneet lakkaaviksi tarkastukset, joita hallituksen lähetit vuosittain toimittivat. Näiden seikkojen vuoksi voivat he aivan mielinmäärin työllä rasittaa ja liikarasittaa lähetysasemiensa vastakääntyneitä alkuasukkaita.
Hengenmiehetkin olivat vihamielisiä siirtokunnille. Piispat eivät voineet antaa jesuitoille anteeksi sitä, että nämä sillä syyllä, että lähetysasemat muka olivat köyhiä, eivät maksaneet heille kymmenyksiä. Bernardino, Paraguayn kuninkaallisen käskynhaltijan asuntokaupungin Assuncionin piispa, syytti heitä siitä, että he väärensivät kristinuskoa soveltaakseen sen villien maun mukaiseksi, antoivat näiden palvella katolisten kristittyjen jumalaa indianien jumalan Tupan nimellä, ja että jesuitat kääntäessään katekismuksen guaranien kielelle olivat vääristelleet kirkon oppeja. Hän syytti heitä sitäpaitsi siitä, että he eivät pitäneet rippisalaisuutta, joka heidän käsissään oli tullut vallanvälikappaleeksi. Jesuitat saivat aikaan sen, että Bernardino siirrettiin toiseen siirtomaahan. Jesuitaveljeskunta noudatti Paraguayssa samaa menettelytapaa, jota se käytti Kiinassa, missä se poisti ristin, kun vastakääntyneet pitivät sitä häpeällisenä kidutusvälikappaleena. Pascal ja jesuitain vastustajat ovat kovasti olleet loukkaantuneita moisesta hyödyntavottelusta. He unohtavat silloin, että kristinusko vain tuollaisia myönnytyksiä tekemällä on voinut saada jalansijaa vanhan maailman sivistyneiden ja raakalaiskansojen keskuudessa.
Siirtomaahallitus esitti Madridin hovissa yhä uudestaan vastalauseitaan sitä vastaan, että jesuitoille oli annettu oikeus asestaa indianeja ja järjestää taisteluvoimia, joiden hyvälle kurille ja urhoudelle se monissa tilaisuuksissa oli oppinut antamaan arvoa. Mutta jesuitaseuralla oli rippituolin kautta vallassaan Filip II:sen heikot ja pikkumaiset seuraajat ja sen onnistui yhä uudestaan torjua siirtomaan käskynhaltijan hyökkäykset ja vaatimukset. Se tunsi itsensä niin voimakkaaksi, että ryhtyi taisteluun Don José Antequerraa, Paraguayn käskynhaltijaa, vastaan. Se voitti ja mestautti hänet. Sodan aikana Antequerraa ja Ramonia vastaan, joka viimeksimainittu järjesti Antequerran jälkeen »kaupunkien» puolueen, käyttivät monet indianit tilaisuutta saadakseen takaisin vapautensa, paetakseen lähetysasemilta ja palatakseen metsiin. Näiden taistelujen kestäessä hankkivat jesuitat itselleen 12,000-miehisen jalkaväkijoukon, jolla oli asestuksena pyssyjä ja kanuunoita ja päällikköinä europalaissyntyisiä korkeita upseereja.
Niiden alituisten valitusten, joita kaikki espanialaisen yhteiskunnan luokat tekivät jesuitoja vastaan, täytyi kuitenkin lopulta saattaa Madridin hovi levottomaksi. Se tahtoi hankkia kokemusta siitä, missä määrin syytökset perustuivat totuuteen ja järjesti senvuoksi toimeenpantavaksi tutkimuksen. Tavattoman taitavasti vaikuttivat jesuitat asiaan, niin että tämän tutkimuksen toimittaminen uskottiin miehille, jotka olivat heidän hartaita ystäviään ja ylenpalttisesti ylistivät lähetysasemien vaikutusta. Eräs heistä, Pedro Faxardo, Buenos-Ayresin piispa, selitti, että kunnianarvoisien isien siirtokunnat muodostivat kristillisen ihannetasavallan, jossa vallitsi täydellisin viattomuus ja »jossa vuoden mittaan ei tehdä ehkä ainoatakaan kuolemansyntiä» ja että lähetyssaarnaajat olivat saaneet aikaan niin ihmeellisiä kasvatustuloksia, »vaikka oli kysymyksessä kaikkiin paheisiin taipuisat villit».
Siitä huolimatta ei Madridissa katseltu juuri suopein silmin omaisuudenyhteyttä, jonkä kautta espanialaisten siirtolaisten väitteiden mukaan kaikkien indianien tuottamat rikkaudet joutuivat jesuitain käytettäviksi. Lähetyssaarnaajat puolestaan vakuuttivat, että yksinomaan vain kommunistisella asiain järjestyksellä voitiin hankkia ylläpito kääntyneille indianeille, jotka, huolettomia ja kevytmielisiä kuin lapset kun olivat, eivät muka ollenkaan kyenneet omaisuuttaan hoitamaan ja jakamaan satoa siten, että heidän toimeentulonsa koko vuodeksi olisi ollut turvattu, ja että siirtokunnat kaikkein vähimmin olivat rikkaita, päinvastoin tavattoman köyhiä. Lähetyssaarnaajat väittivät sitäpaitsi, että kommunismia ei oltu siirtokunnissa täydelleen toteutettu, kun jokaisella perheellä oli pieni pelto, jolla se kasvatti elintarpeensa.
Hämmästyksekseen kuuli Espanian hovi, että, täydellisesti eristääkseen indianit espanialaisista, näiltä viimeksimainituilta ei vain oltu kielletty pääsyä siirtokuntiin vaan että näissä ei myöskään opetettu indianeille espaniankieltä. Kaikki kääntyneiden indianien ja europalaisten siirtolaisten välinen kanssakäynti oli oleva estetty, jotta viimeksimainitut muka eivät siveellisesti turmelisi edellisiä. Hollannin hallitus, joka ei välitä siirtomaittensa alkuasukasten sielunparaasta, seuraa Jaavan saarella olevilla omistuksillaan samanlaista pohtikaa. Espanian hallitus, jonka kauppahenki oli vallannut vähemmässä määrässä kuin Hollannin hallituksen, oli vakuutettu siitä, että tätä asiaintilaa ei voisi sietää. Joulukuun 28 p:nä 1743 annettu käskykirje määräsi, että lähetysasemien indianien tulee oppia espaniankieltä, koska ne kerran ovat hallituksen alamaisia. Eräs Charlevoixin kirjassa esiintyvä huomautus viittaa siihen, että jesuitat olivat päättäneet olla noudattamatta kuninkaan käskyä. Heidän käsityksensä mukaan olivat indianit ensikädessä jesuitaveljeskunnan alamaisia ja vasta sitte Espanian kuninkaan, jona silloin oh bourbonilainen Filip V:s, Ranskan kuninkaan Ludvig XIV:nnen pojanpoika.
Siihen aikaan taisteltiin Europassa yleisesti jesuitaveljeskuntaa vastaan. Bourbonilaisten hovien vaikutuksesta onnistuttiin saamaan aikaan se, että jesuitat karkotettiin 1759 Portugalista, 1762 Ranskasta ja 1767 Espanjasta, ja että paavi Clemens XIV:s 1773 lakkautti veljeskunnan.
Niiden asiakirjojen joukossa, jotka otettiin takavarikkoon silloin kun jesuitat karkotettiin Paraguaysta, oli eräs kunnianarvoisan isän Rabayon kirje, joka todistaa, että Madridissa kaikkein vähimmin oltiin jesuitoille ainakaan hyväntahtoisia. Isä sanoo pääasiassa sitä, että lähetyssaarnaajia vastaan tehdyt syytökset olivat niin lukuisia, painavia ja pahanlaatuisia, ettei hän mitenkään voinut estää niiden vaikutusta, vaikka hänellä kuninkaan rippi-isänä olikin melkoinen vaikutus. Espanian hallitus, niin tuumii Azara, oli ruvennut kovasti epäilemään kristillistä tasavaltaa, kun melkein kaikki lähetysasemien jesuitat olivat englantilaisia, italialaisia ja saksalaisia eikä muutamilla heidän joukossaan olevilla espanjalaisilla ollut sanottavaa vaikutusvaltaa. Mutta hallitus ei uskaltanut julkisesti ja suoraan hyökätä jesuitain kimppuun, kun se pelkäsi kohtaavansa vastarintaa, jopa voivansa joutua tappiollekin. Siten piti hallitus varovaista ja lempeätä menettelytapaa parempana. Se vaati niitä indianiryhmiä vähitellen vapautettaviksi, jotka olivat kauemman kuin vuosisadan olleet jesuitain holhonnan alla. Jesuitat myöntyivät kaikkeen, mitä heiltä vaadittiin, mutta he varoivat täyttämästä mitään sopimusta.
Ne riitaisuudet, joita Portugalin ja Espanian välille syntyi etelä-amerikalaisten siirtomaiden rajoista, jouduttivat selkkauksen ratkaisua. 1750 oli Espanian kuningas luovuttanut Portugalille osan Uruguayta. Portugalin hallitus käski niitä jesuitoja, jotka asuivat luovutetuissa seitsemässä siirtokunnassa, käännytettyine indianeineen pudistamaan maan tomut jaloistaan. Indianit kieltäytyivät seuraamasta lähetyssaarnaajia. Monet heistä käyttivät tilaisuutta hyväkseen saadakseen vapautensa takaisin ja jälleen päästäkseen harhailemaan Uruguayn ja Paranan välisillä mailla, toiset jäivät asumaan perustettuihin kyliin. Jesuitain yllytyksestä tarttuivat he aseihin, vastustaakseen syvästi inhoamiaan portugalilaisia. Don Pablo Bucareli y Ursa, joka pyrki palauttamaan rauhaa, nuhteli lähetyssaarnaajia epäsovun virittämisestä ja yllyttämisestä sotaan, jonka ensimäisenä ja ainoana tarkotuksena hän väitti olevan noiden seitsemän lähetysaseman pysyttämisen jesuitoilla. Tammikuun 2 p:nä 1768 allekirjotti Espanian kuningas Kaarle III:s, Filip V:nnen poika, käskykirjeen, jolla jesuitat karkotettiin Paraguayn, Rio de la Platan ja Tukumanin maakunnista. Bucaleri, jonka toimena oli tämän käskykirjeen toteuttaminen, piti viisaana noudattaa samaa menettelytapaa, jota Mitridates oli käyttänyt lopettaakseen kaikki hänen kotivaltiossaan elävät roomalaiset. Kesäkuun 7 p:nä lähetti hän eri alueiden käskynhaltijoille sinetöidyt kirjeet, käskien avaamaan ne vasta heinäkuun 21 p:nä. Heinäkuun 22 p:nä ilmestyi yht'aikaa ja odottamatta kaikkiin siirtokuntiin asestettuja ratsumiesjoukkoja, joiden oli käsketty viipymättä viedä pois kaikki siirtokunnissa oleskelevat jesuitat. 150 lähetyssaarnaajaa saatiin kiinni ja tuotiin Corientesin, Cordovan, Santa Fén, Montevideon ja Buenos-Ayresin kaupunkeihin. Elokuun 3 p:nä 1768 oli kaikki jesuitat karkotettu Espanian siirtomaista.